Tahun 1953 Desa Muara Bakti masih menjadi satu dengan Desa Buni Bakti, dan pada waktu itu terdiri dari 3 (Tiga) Kampung yaitu : 1. Kampung Muara 2. Kampung Babakan 3. Kampung Buni Desa Muara Bakti telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan, proses demokratisasi pertama kali terjadi pada tahun 1953. Pada waktu itu pemilihan Kepala Desa Muara Bakti hanya diikuti oleh penduduk laki-laki saja, dan dari proses pemilihan tersebut terpilihlah Bapak H. SAUMIN (Putra Kampung Muara) tepatnya sekarang Kampung Muara Pinang Lima Dusun III Desa Muara Bakti, sebagai Kepala Desa Muara Bakti Pertama, sayangnya beliau menjabat hanya 1 (satu) tahun. Kemudian pada tahun 1954 diadakan lagi Pemilihan Kepala Desa Muara Bakti, dan terpilihlah Bapak H. ABDULLOH (Putra Kampung Buni) yang menjabat sebagai kepala Desa Muara Bakti dari tahun 1954 sampai tahun 1970, saat itu Kantor Desa Muara Bakti terletak/berada di Kampung Buni. Dan pada tahun1970 terjadi Pemekaran Desa Muara Bakti menjadi 2 (Dua) Desa yaiti : 1. Desa Muara Bakti 2. Desa Buni Bakti Pada tahun yang sama (Tahun1970) setelah terjadi pemekaran, Desa Muara Bakti melakukan Pemilihan Kepala Desa kembali, dan pada waktu itu terpilihlah Bapak H. MISNAN sebagai kepala Desa Muara Bakti yang menjabat dari tahun 1970 sampai dengan tahun 1993. Tahun 1993 diadakan lagi Pemilihan Kepla Desa dan terpilihlah Bapak H. DZURJANIH sebagai Kepala Deswa Muara Bakti dengan masa jabatan 1 (Satu) Periode 8 (Delapan) Tahun, dari tahun 1993 sampai dengan tahun 2001. Kemudian Tahun 2001 di adakan lagi Pemilihan Kepal Desa, dan pada waktu itu terpilihlah Bapak M. RIKAM dan menjabat sebagai Kepala Desa Muara Bakti selama 2 (Dua) Periode (12 Tahun) yaitu dari tahun 2001 sampai dengan tahun 2007 dan tahun 2007 sampai denagn tahun 2012. Dan pada tahun 2012 diadakan lagi Pemilihan Kepala Desa , terpilihlah Bapak ASMAWI sebagai Kepala Desa Muara Bakti Periode tahun 2012 – 2018. Dan pada Tahun 2018 tepatnya tanggal 26 Agustus 2018 di adakan lagi pemilihan Kepala Desa dan terpilihlah kembali Bapak ASMAWI untuk periode yang ke Dua sebagai Kepala Desa Muara Bakti sampai saat ini.